В.о. начальника - Теодозія Чернецька
Управління організації роботи;
Управління оподаткування юридичних осіб;
Управління правового забезпечення;
Управління податкового аудиту;
Управління економічного аналізу;
Відділу персоналу;
Відділ інфраструктури та господарського забезпечення;
Відділ з питань виявлення та опрацювання податкових ризиків;
Сектору забезпечення відомчого контролю;
Сектор з питань запобігання та виявлення корупції;
Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;
Сектор інформаційної взаїмодії
Заступник начальника – Загарюк Микола:
Управління контролю за підакцизними товарами;
Управління фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку;
Управління податкових сервісів;
Управління по роботі з податковим боргом;
Управління інформаційних технологій;
Управління оподаткування фізичних осіб;
Відділ запобігання фінансовим операціям, пов'язаним з легалізацією доходів, одержаних злочинним шляхом;
Сектор реєстрації користувачів;
Сектор трансфертного ціноутворення
Вижницька державна податкова інспекція;
Герцаївська державна податкова інспекція;
Глибоцька державна податкова інспекція;
Заставнівська державна податкова інспекція;
Кельменецька державна податкова інспекція;
Кіцманська державна податкова інспекція;
Новодністровська державна податкова інспекція;
Новоселицька державна податкова інспекція;
Путильська державна податкова інспекція;
Сокирянська державна податкова інспекція;
Сторожинецька державна податкова інспекція;
Хотинська державна податкова інспекція;
Чернівецька державна податкова інспекція.